Als im Jahr 1979 über ganz Pakistan der Ausnahmezustand verhängt wird und islamistische Fundamentalisten im Dorf Station machen, wird auch das eingespielte Familienleben von Ayesha und ihrem Sohn Saleem gestört.
Ayesha gibt seit dem Tod ihres Mannes jungen Mädchen Koranunterricht, aber eigentlich dreht sich ihre Leben um ihren 17-jährigen Sohn, der bis über beide Ohren in die intelligente Zubeida verliebt ist. Doch die Kompromisslosigkeit und Überzeugung der Islamisten imponieren ihm, er gerät zusehends unter ihren Einfluss. Dadurch wird die Beziehung zur Mutter aber auch zu seiner Freundin immer schwieriger. Als Sikh-Pilger aus Indien das Dorf besuchen, droht der seit der Teilung des indischen Subkontinents schwelende religiöse Konflikt erneut aufzubrechen. Ayesha verfolgt die Ereignisse mit wachsender Sorge und wird durch die Nachforschungen eines der Pilger nach seiner 1947 von den Moslems verschleppten Schwester schmerzhaft an ihre eigene Vergangenheit erinnert. Damals verlangten die Familien von ihren Töchtern, dass sie sich in den Brunnen stürzten um ihre Ehre zu retten. Ayesha widersetzte sich und wechselte sowohl Identität als auch Religion, um zu überleben.
„Ayeshas Schweigen“ ist seit vielen Jahren die erste internationale Spielfilmproduktion in Pakistan, mit Sabiha Sumar führt die erste Frau Spielfilmregie. Nach den zögerlichen Annäherungen der letzten Jahre von Pakistan und Indien im Kashmirkonflikt gibt dieser Film einen Einblick in die Hintergründe der Auseinandersetzung zwischen beiden Ländern.