„Rafaël“ erzählt eine dramatische Liebesgeschichte vor dem Hintergrund des Arabischen Frühlings und der Bootsflüchtlinge auf der Mittelmeerroute. Die junge Holländerin Kimmy hat sich bei einem Urlaub in Tunesien in Nazir verliebt. Gegen den erklärten Willen ihrer Mutter ist sie in Tunesien geblieben und hat Nazir geheiratet. Nazir betreibt eine gut gehende Strandbar. Als die Unruhen immer chaotischer und gewalttätiger werden, beschließen sie, nach Holland auszureisen. Im allgemeinen Chaos wird Nazir von der Polizei aber schon der Weg zum Flughafen in Tunis verwehrt, weil er kein gültiges Visum hat. Er drängt die schwangere Kimmy deshalb, alleine zu fliegen und sein Visa-Problem – die holländische Botschaft in Tunis hatte die tunesische Heiratsurkunde nicht anerkannt – von Holland aus zu lösen. Doch auch in Holland bleibt Kimmys Kampf mit der Bürokratie vergeblich. Nach langem Zögern entscheidet sich Nazir deshalb, mit seinem Freund Rafaël illegal auszureisen und die gefährliche Überfahrt auf einem Flüchtlingsboot nach Italien zu riskieren. Nachdem ihr Schlauchboot kentert und einige Menschen dabei ertrinken, landen sie endlich doch in Lampedusa, wo sie in ein Auffanglager gebracht werden.
Das Flugzeug, das sie einige Zeit später angeblich nach Mailand zur Registrierung bringen soll, hebt aber Richtung Tunis ab. Alles war vergeblich. Nazir riskiert die Überfahrt ein zweites Mal. Dabei ertrinkt sein Freund Rafaël. Frustriert von den Behörden, ist Kimmy nach Lampedusa gereist, wo sie Nazir auch ausfindig macht. Doch der Chef des Aufnahmelagers akzeptiert weder die Heiratsurkunde noch zeigt er sich irgendwie interessiert, bei der Lösung des Problems zu helfen.
Erst als Kimmy den Skandal der allseitigen Nicht-Zuständigkeit in einer holländischen Talkschow öffentlich macht, kommt Bewegung in die Sache. Kimmy reist erneut nach Lampedusa. Doch Nazir ist mittlerweile nach Sizilien verlegt worden.
Die Verfilmung des Buches „Rafaël – Eine Liebesgeschichte“ von Christine Otten durch Ben Sombogaart erzählt eine auf wahren Begebenheiten basierende, spannende Geschichte über das organisierte Durcheinander europäischer Migrationspolitik – über weite Strecken nimmt der Film dabei die Perspektive Kimmys ein, für die ihre Erlebnisse auch ein politisches Erwachen bedeuten.